物流管理系是学院管理科学与工程一级学科的组成单位，始建于2004年，并于同年招收首届物流管理本科生，是国内较早开设物流管理专业本科的单位之一。本系组建伊始，就具有招收军事后勤学（军事物流方向）硕士研究生的资格，并于2013年开始招收物流管理学术型硕士研究生。

物流管理系能够按照物流学科的特色，坚持理论教学与实验实践教学相结合，逐渐建立了以员工为中心的“三型三能一复合”的教学模式。所辖的物流管理实验教学中心于2011年被评为吉林省重点实验教学示范中心，中心下设物流实训室、电子商务实验室、会计综合演练实验室、ERP沙盘模拟实验室、物流方案综合设计实验室、农产品物流模拟实践区等6个配套功能实验室。

目前全系共有专职教师16人，其中教授2人，副教授7人，讲师7人，同时聘请国外资深学者担任客座教授，在物流与供应链管理、物流系统规划、优化模型、物流战略与产业政策、国际物流、农产品物流等方面形成了稳定的、并具有鲜明特色的研究方向。本系教师承担多项国家、省部级的研究课题，同时也承担多项来自企业的研究项目。本系编著的《供应链管理》教材入选普通高等教育“十二五” 规划教材，《供应链管理》课程入选2014年省级精品课程，物流管理专业教学团队2016年成为吉林省优秀教学团队。本着服务于社会经济建设的宗旨，物流管理系借助自身的专业优势，于2009年开始与长春市物流产业办及长春物流协会共同承担吉林省高级物流管理人才的培训任务，完成吉林省 “十三五”物流业发展规划的编制工作，为本地区物流产业的稳步发展提供了优质的咨政、咨商服务。